Habe weder einen VR6 noch Ahnung. Bin daher keine Hilfe, sorry.
Vor dem Batterie-Ausbau nichts am Auto „gebastelt“? Alle Kabel an den Batteriepolen korrekt angeschlossen bzw. fest, Massefehler kann ausgeschlossen werden?
Das tut mir leid.
Die „neue“ Batterie ist neu oder eine gebrauchte? Pole sauber/korrosionsfrei, etwas Polfett drauf?
PS: Die Batteriespannung hattest du schon gemessen?
An meinem VR6 war die Batterie 2 Monate raus also abgeklemmt, jetzt wollte ich mal wieder eine Runde fahren ... ohne Erfolg………
Das habe ich schon öfters gemacht. Nach dem erneuten Einbau funktionierte immer alles wie vorher.
Das Verhalten bei Deinem VR6 deutet auf ein Elektronikproblem hin. Das die Fenster von alleine hochfahren ist ein Sicherheits/Diebstallfeature nur dass es zu früh ausgelöst wird.
Als erstes würde ich, falls noch nicht gemacht, die Batterie nochmal für ein paar Minuten abklemmen.
Ich gehe mal davon aus, dass alle Sicherungen, besonders die S52 (oberhalb des Sicherungskastens, in einem eigenen Halter) überprüft wurden.
Nähere Infos zum Auto und dem Batterieproblem könnten genauere Analysen ermöglichen.
Modelljahr vom Auto?
Batterie plötzlich tot gewesen und man hat eine neue gekauft?
Mit den bisherigen Informationen kann man nur Vermutungen aufstellen.
Ich tippe mal auf Komfortsignal "zu" liegt immer an.
Prüfung:
Multimeter besorgen.
An der ZV-Pumpe den 12-poligen abziehen und am Stecker zwischen Kontakt 3, 5 oder 11 (Leitungsfarbe braun) und Kontakt 7 (Leitungsfarbe rot/gelb) mal die Spannung messen. Sind hier ca. 12V zu messen, dann bekommen die Steuergeräte das Signal das Auto abzuschließen. ZV-Pumpe dann eventuell schon tot oder die besagte Sicherung ist defekt. Fenster fahren dann ohne Zündung wieder hoch (erst Beifahrer, dann Fahrerfenster).
Nein. Geh mal so vor,wie 5dOt1 beschrieben.
Wenn der Wagen ab 01.94 gebaut wurde, dann hat er die WFS mit DWA, also den Transponder im Schlüssel integriert.
Wenn dem so ist, müsste der Motor immer starten, aber nach 2 Sekunden wieder ausgehen, wenn die WFS den Schlüssel "vergessen" haben sollte.
Dem ist Deiner Beschreibung nach ja nicht so, also haben wir hier ein anderes Fehlerbild.
Ich versuche so Fehler systematisch einzukreisen. Dabei berücksichtige ich die Gemeinsamkeiten der Steuergeräte, also welche Signale diese sich im Zossen teilen. Ich kann das natürlich auch erklären, wie und warum ich eine Information, Messung, Foto benötige oder nochmals benötige um helfen zu können. Das ist mir zu aufwendig und so viel Text will auch niemand lesen.
Ich fände es aber fair, wenn man den Leuten, die sich 30 Minuten mit den Stromlaufplänen im Hintergrund beschäftigen, um die Zusammenhänge eins Fehlerbildes zu erkennen, kurz dabei unterstützt werden und nicht stumpf nach einem vermuteten Fehler weitersuchen.
Wenn Du also der Meinung bist, dass die WFS Deinen Schlüssel einfach vergessen hat, dann besorge Dir VCDS und lerne den Schlüssel einfach neu an. Dazu benötigst Du dann den 5-stelligen Login-Code. Ich bin mir aber ziemlich sicher, das wird Dich nicht weiterbringen.
Wenn Du konstruktiv mitmachst, werden wir den Fehler schon finden. Wenn das zu umständlich ist, dann bitte ich um einen kurzen Hinweis, dann kann ich meine knappe freie Zeit anders einsetzen. Klingt vielleicht auf den ersten Blick etwas arrogant, aber ich bin schon alt und muss schauen, dass ich meine Projekte noch fertig bekomme, bevor die Lebenszeit dann ganz abgelaufen ist 
Bei meinem Messvorschlag gibt es einen Zusammenhang zwischen ZV, DWA/WFS, Fensterheber und leerer Batterie.
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