So ein ähnliches, wenn nicht dasselbe Problem hatte ich auch, habe auf meiner 320GB Platte Win XP SP 3 installiert und auf der 2TB Platte Win7, habe zu der Zeit noch viel mit XP arbeiten müssen und eines Tages kam während des Ladevorgangs von XP immer wieder ein Bluescreen. Abgesicherter Modus und Co. haben auch nicht funktioniert. Im Endeffekt hab ich über Win7 auf die XP Platte zugegriffen und dort lag dann völlig sinnfrei direkt im Startverzeichnis also C\.. eine systemdatei (denke mal es war eine boot.ini, bin mir aber nicht mehr sicher). Gelöscht und danach funzte die XP Platte wieder ... War auch überrascht
Da du ja aber neu aufsetzt wirds dir wohl auch leider nicht mehr helfen.